1、河口湿地生态系统的演替与生物多样性维持
       研究河口湿地生态系统演替模式及驱动力，用沉积学、环境磁学、同位素技术等方法研究演替过程中泥沙沉积过程及其与生物（尤其是植被）相互作用的机制，揭示新生海滨湿地快速发育的特殊规律。
       分析生物多样性发生、发展和维持机制，探讨在全球变化及水文情势变化下，其维持机制的变化。

2、河口湿地生态系统结构、功能及营养循环
       从剖析河口湿地生态系统的物种组成与关键功能群着手，研究基于碎屑的营养系统、基于植物的营养系统及其复合体，阐明河口湿地生态系统复杂的食物网结构及其动态，揭示其营养动力学机制。
       通过通量监测及地面调查，构建河口湿地生态系统营养循环模式，分析其碳源汇格局，研究其对区域减排的作用，并探讨水文情势变化（三峡大坝的修建和南水北调工程）及关键功能群变化对其的影响。

3、外来种入侵与鸟类栖息地恢复
       利用多种高分辨率遥感数据，并结合地面光谱测定和样地调查，反演外来植物的扩张模式，探讨决定其扩张速率的影响因子。基于碳通量观测和地面调查，量化互花米草入侵对生态系统物质和能量的影响。
       研究生态修复工程对植物组成及分布的影响，以及比较对照湿地及修复湿地的鸟类种类、数量及行为，评价该工程对鸟类栖息地恢复的效果。

4、围垦湿地的可持续利用
       通过定点观测、野外调查以及对人类活动的量化，比较不同利用方式下围垦湿地营养循环及其控制机制的差异，计算生态系统碳效益，阐明不同利用方式对区域碳循环的影响，评价其可持续性。